2186 год, октябрь.
Жнецы вторгаются в Галактику и устраивают очередную Жатву.
Во время битвы за Землю представители человечества - коммандер Джон Шепард и адмирал Дэвид Андерсон - при поддержке экипажа фрегата "Нормандия SR-2" прорываются на Цитадель и активируют Горн, оружие, способное остановить Жнецов. Жнецы деактивированы, угроза Жатвы устранена, но дорогой ценой: в галактике разрушения и хаос, потери среди всех рас исчисляются миллиардами. Ретрансляторы и синтетики по-прежнему функционируют. Экипаж "Нормандии" уцелел, но в бою с индоктринированным Призраком погибает Андерсон, а тяжело раненого Шепарда доставляют в госпиталь.

2187 год, апрель-май.
Галактика медленно восстанавливается после войны. Геты и кварианцы соблюдают мирный договор, но среди кварианцев все большую популярность набирают милитаристы, которые призывают уничтожить гетов раньше, чем те восстанут снова. Кроганы восстанавливают популяцию после исцеления от генофага пугающими темпами: некоторые самки успели за полгода отложить до полусотни яиц и очевидно, что Тучанка будет перенаселена в ближайшие несколько лет. Урднот Рекс обещает кланам новые территории, но Совет сейчас озабочен другими проблемами и не готов делиться просто так.
Цитадель возвращена с орбиты Земли обратно и остается под управлением Совета, существование которого в прежнем составе активно подвергается критике: слишком тяжел груз совершенных ошибок, ценой которых стали миллиарды потерянных жизней. Расы, которые внесли свой вклад в битвы со Жнецами, все громче требуют ввести в Совет своих представителей.
Цербер почти уничтожен, обезглавлен и деморализован - но не исчез. Отдельные ячейки сохранились и по-прежнему готовы продвигать идеологию человеческого превосходства любой ценой, только теперь им придется соперничать еще и друг с другом, если не найдется новый лидер, способный объединить их.
Пираты, мародеры, наемные банды и контрабандисты пользуются всеми возможностями, которые представляет не оправившаяся после войны галактика. Млечный Путь переживает новый расцвет криминала.
Жнецов продолжают обсуждать даже после их деактивации. Одни считают, что изучать столь продвинутые, почти недоступные современному разуму технологии опасно, и Жнецов нужно уничтожить окончательно. Другие говорят, что исследование технологий Жнецов позволит совершить небывалый научный прорыв. Не говорят, но подразумевают: военные технологии, которые получится извлечь, помогут справиться с угрозой кроганов, гетов, пиратов и кого угодно еще.
Галактика вступает в новый цикл, впервые избежав уничтожения цивилизаций, в то время как послевоенный кризис только набирает обороты.